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数据库案例
MODMS：紫花苜蓿多组学数据库
MODMS是一个综合性的首蓿多组学数据库，包含首蓿多个参考基因组，涵盖基因基本信息、功能信息、比较基因组信息。同时还囊括重测序、转录组、蛋白组、代谢组等多组学数据。该数据库是一个用户友好的多组学数据库，为首蓿生物学研究提供了全面的数据资源和分析工具。
发表杂志/IF：Horticulture Research（IF：7.6）
合作单位：兰州大学交付时间：2024年
数据库平台链接：https://modms.lzu.edu.cn/
RiceRC：水稻种质泛基因组数据库
RiceRC数据库整合了33个水稻种质的泛基因、比较基因组分析结果，旨在揭示水稻种质中的隐藏基因组变异。研究人员可使用数据库进行分析、查询水稻突变信息，包括单核苷酸多态性、插入缺失等。RiceRC数据库包括171,072个SV和25,549个gCNV，并整合了水稻种群中SV的衍生状态，为水稻遗传改良和品种选育提供重要参考，有助于水稻产量和抗逆性研究。
发表杂志/IF：Cell（IF：45.6）
合作单位：四川农业大学交付时间：2021年
数据库平台链接：https://ricerc.sicau.edu.cn/
CGD：菊属多组学数据库
数据库提供了迄今为止最新和全面的菊属植物多组学数据集，集成了多种生物信息学分析和可视化工具，如交互式基因检索与序列提取工具、BLAST工具、共线性分析工具、表达量可视化工具和GO/KEGG/基因家族功能富集分析工具等。此外，针对栽培菊花(六倍体)基因拷贝数多、功能冗余的问题，开发了适用于栽培菊花的靶点设计软件，一次分析即可设计多个同源基因的共同敲除靶点与特异敲除靶点。上线一年，受到来自60余个国家(地区)20000余次访问，促进了菊花及近缘种(重要亲本和育种材料)的基础研究，进而推动菊花的种质创新与产业的繁荣发展。
发表杂志/IF：Horticulture Research（IF：7.6）
合作单位：南京农业大学交付时间：2024年
数据库平台链接：https://cgd.njau.edu.cn/
MacadamiaGGD：澳洲坚果数据库
MacadamiaGGD整合了多个坚果品种的基因组、转录组、遗传图谱和SSR标记数据。数据库还提供了一系列用户友好的工具模块，用户能够方便快捷地获取和分析基因组数据。作为一个综合性的种质和基因组数据库，澳洲坚果数据库不仅能够拓宽对种质、遗传学、基因组学的研究理解，还将促进下游分子育种的应用进展。
发表杂志/IF：Frontiers in Plant Science（IF：5.6）
合作单位：广西大学交付时间：2022年
数据库平台链接：http://MacadamiaGGD.net
iMarmot：旱獭比较基因组数据库
iMarmot数据库收录了14种旱獭的生物学信息，6种旱獭基因组序列，以及多个与冬眠和鼠疫相关的表达谱数据。数据库集成了KEGG/GO富集分析、PCA、Blast以及共线性等分析与可视化工具，为研究人员了解旱獭生物学特性提供全面的信息和分析平台。
发表杂志/IF：BMC genomics（IF：3.501）
合作单位：西安交通大学基础医学院交付时间：2020年
数据库平台链接：http://www.marmotdb.org/
GourdBase：瓠瓜数据库
GroudBase数据库以基因组数据为核心，整合了包括瓠瓜表型、标记、QTL、遗传图谱及品种等信息在内的多方面数据，构建了直观友好内联的数据平台，能够帮助研究人员和育种工作者方便快捷的实现检索，推动研究进程。
发表杂志/IF：Scientific Reports（IF：4.122）
合作单位：浙江省农业科学院蔬菜研究所交付时间：2018年
数据库平台链接：http://www.gourdbase.cn/
Bayberrybase：杨梅数据库
Bayberrybase数据库主要整合了杨梅相关的基因组、表达谱、种质资源、分子标记、遗传图谱和文献资料信息。 研究人员、育种家和园艺工作者能够方便地浏览和检索相关数据资源，从而推动杨梅相关的基因组学研究，以及下游分子育种相关工作。
发表杂志/IF：BMC Plant Biology（IF：4.215）
合作单位：浙江省农业科学院园艺研究所交付时间：2021年
数据库平台链接：http://www.bayberrybase.cn/
Arctium lappa Database: 牛蒡多组学数据库
Arctium lappa Database（牛蒡数据库）整合了基因组、转录组、线粒体、叶绿体、微生物、SRAP 指纹图谱、化学成分和文献资料等数据。工具包括基因组浏览器、Blast比对、引物设计、序列提取等功能。牛蒡数据库提供了一个全面的数据信息平台，对牛蒡的栽培、育种和分子生药学研究有巨大的帮助。
发表杂志/IF：BMC Plant Biology（IF：5.3）
合作单位：辽宁中医药大学药学院交付时间：2023年
数据库平台链接：http://210.22.121.250:41352/
中国淡水大型底栖无脊椎动物条形码数据库
亮点1：COI条形码和线粒体基因组信息明显增加
数据库已上传条形码物种：2645种，条形码数量：4785条，线粒体基因组：341个,整合了同一物种的分类、分子条形码、地理分布以及不同虫态形态图像等信息
亮点2：一站式分子鉴定及分析功能
数据库具备BLAST比对功能，能够得到按相似度排列的分子鉴定结果。同时配备了Muscle、GeneWise、LASTZ、Compare等生信分析工具
亮点3：高效且操作简便的环境DNA-宏条形码数据在线分析模块
数据库开发了一个简便易懂的宏条形码数据自动分析模块，在原有OTU聚类分析模块的基础上，增加了ASV分析模块,方便了宏条形码数据的处理分析
合作单位：南京农业大学交付时间：2025年
数据库平台链接：http://cfmlib.njau.edu.cn/
HOFE ：法医昆虫学之家
HOFE数据库整合和共享了4种重要的法医学昆虫基因组数据、A. grahami转录组数据和13种腐食性物种线粒体数据。提供遗传信息数据查询、可视化、序列比对等功能。HOFE还为访问者提供了功能全面的多组学分析工具，能够为研究人员和犯罪现场调查人员提供重要参考。HOFE数据库提供重要的技术支持和数据资源，填补了法医昆虫数据库的空白。
发表杂志/IF：Database (Oxford)（IF：4.462）
合作单位：中南大学基础医学院 交付时间：2024年
数据库平台链接：http://ihofe.com/
CoSFISH：鱼类条形码数据库
CoSFISH包含了21535条COI条形码和1074条18S rRNA条形码，涵盖了21589种鱼类，分别隶属于8个纲和90个目。CoSFISH同时提供了在线分析工具进行序列相似性比对、系统发育树构建和引物设计。CoSFISH数据库的构建为研究鱼类多样性、系统发育和生物进化研究提供了数据支撑
发表杂志/IF：Database (Oxford)（IF：4.462）
合作单位：中国水产科学研究院珠江水产研究所交付时间：2024年
MODB：软体动物线粒体数据库
MODB数据库致力于收集、分类和共享有关软体动物的基本信息，尤其是它们的线粒体基因组信息，包含了一系列分析和可视化工具，为有兴趣了解软体动物生物学特性的研究人员提供了全面的信息和分析平台。
发表杂志/IF：Database（IF：4.462）
合作单位：烟台大学交付时间：2021年
数据库平台链接：http://modb.ytu.edu.cn/
CUCUME：葫芦科物种RNA甲基化数据库
CUCUME构建了一个整合葫芦科不同组织系统mRNA信号、GWAS和QTL遗传调控和表观遗传学的RNA甲基化数据库。数据库的建立将有助于进一步了解葫芦科RNA甲基化在RNA系统性运输和QTL中的作用，最终有利于未来农用作物种质资源的选育。
发表杂志/IF：Computational and Structural Biotechnology Journal（IF：6）
合作单位：中国农业大学设施蔬菜作物生长发育调控北京市重点实验室交付时间：2023年
数据库平台链接：http://cucume.cn/
OGDA： 藻类细胞器数据库
OGDA整合了NCBI、EMBL-EBl、DDBJ等公共数据库和实验室内部测序完成的藻类细胞器基因组数据。其中，包含1055个叶绿体基因组和755个线粒体基因组。此外，该平台还可分析藻类细胞器基因组的结构特征,共线性和系统发育树。
发表杂志/IF：Database（IF：4.462 ）
合作单位：中国海洋大学海洋生命学院交付时间：2020年
数据库平台链接：http://ogda.ytu.edu.cn/
FLIBase：人类癌症和组织全长转录本数据库
FLIBase数据库收集了来自正常人和癌症患者细胞组织的351个全长转录组和12469个二代转录组测序数据，共包含983789个全长转录本可变剪切体信息。同时，FLIBase 数据库提供了准确且全面的全长转录本注释，这些肿瘤特异性RNA转录本有可能成为免疫原性复发性新抗原的来源，可以推动和辅助开发针对各种类型人类癌症的定制RNA诊断和治疗策略。
发表杂志/IF：Nucleic Acids Research （IF=16.7）
合作单位：复旦大学交付时间：2023年
数据库平台链接：http://www.FLIBase.org
exoRBase 1.0：人类血液外泌体RNA数据库
exoRBase数据库旨在收录健康人群及不同疾病人群血液外泌体样本中各种RNA数据，可以帮助科研人员迅速获取来自人血液外泌体的RNA-seq数据分析得到的circRNA，IncRNA 以及mRNA的信息，为外泌体研究及体液诊断提供有力的信息平台和技术工具。
发表杂志/IF：Nucleic Acids Research（IF：16.7 ）
合作单位：上海市肿瘤研究所交付时间：2017年
数据库平台链接：http://www.exorbase.org/
exoRBase 2.0：人类生物流体外泌体RNA数据库
exoRBase2.0数据库在exoRBase1.0版本上进行了数据库升级优化。exoRBase2.0数据库整合了905个来自健康个体、良性疾病及肿瘤患者的（如血液、尿液等）中细胞外囊泡(EVs)的长链RNA信息，目前包含79084个circRNA、15645个lncRNA和19643个mRNA的数据。提供了细胞外RNA的详细注释和表达谱信息，可以为研究人员提供丰富的外泌体研究数据资源和分析工具。
发表杂志/IF：Nucleic Acids Research（IF：16.7 ）
合作单位：上海市肿瘤研究所交付时间：2022年
数据库平台链接：http://www.exorbase.org/
RJunBase：人类组织和肿瘤RNA剪接数据库
RJunBase的目标是收集和描述人类细胞中所有的RNA剪接事件，包括：顺式剪切、反式剪切、融合剪切事件。剪切事件的检测不仅有助于了解转录本结构特征，有助于了解细胞和疾病的表型，也有助于新的剪接相关靶点的发现，从而在癌症研究和治疗中发挥重要作用。
发表杂志/IF：Nucleic Acids Research（IF：16.7）
合作单位：复旦大学附属肿瘤医院交付时间：2021年
数据库平台链接：http://www.rjunbase.org/
GepLiver：肝脏转录组数据库
GepLiver是一个囊括发展阶段和疾病阶段的肝脏转录组数据库。GepLiver整合了人类和小鼠肝脏样本的转录组及单细胞数据。GepLiver可用于探索肝脏表型中基因和细胞类型的表达模式和转录组特征的演变，协助肝脏转录组动态的研究，并为肝脏疾病的生物标志物和靶点提供信息。
发表杂志/IF：Scientific Data（IF：8.5）
合作单位：复旦大学上海肿瘤中心交付时间：2023年
数据库平台链接：http://www.gepliver.org/
ARDPM：用于致病性突变修复的sgRNA数据库
ARDPM是一个用于G·C-to-A·T致病性突变修复的sgRNAs数据库。其中，A-to-G碱基编辑基于PAMless-ABEs实现。ARDPM提供了所有可用的PAMless-ABEs的sgRNAs，这些sgRNAs可用于修复ClinVar报道的G·C-to-A·T致病性突变。每个sgRNA都显示了足够的编辑工具信息，包括目标编辑碱基的位置、PAM和sgRNA序列。研究人员可以选择合适的sgRNA来修复特定的G·C-to-A·T致病性突变。
发表杂志/IF：Molecular Therapy: Nucleic Acid（IF：10.182）
合作单位：浙江大学交付时间：2022年
数据库平台链接：http://47.92.172.28:12026/
CFViSA：多组学统计和可视化平台
CFViSA是一个免费的集成式生物信息学分析云平台，专为组学数据设计，集可视化与统计分析于一体。分析平台整合了微生物组和转录组两大分析流程，并提供79种分析工具，覆盖序列处理到数据可视化全过程。用户通过直观的分析界面，可快速上手并科学设置参数，从而方便获取包括统计分析、可视化图表在内的全部结果。
发表杂志/IF：Computers in Biology and Medicine（IF：7.7）
合作单位：南京农业大学交付时间：2024年
iMAP：代谢组数据分析平台
iMAP是一个代谢组数据分析综合平台，可提供一站式代谢组数据分析，包括预处理、代谢物筛选和数据解释。用户可根据需求选择独立模块，获取快速或精细结果。与其他工具比较，IMAP在数据处理、代谢物筛选和预测模型构建方面具有优势。
发表杂志/IF：Frontiers in Chemistry（IF：5.221）
合作单位：上海市交通大学附属第六人民医院交付时间：2021年
数据库平台链接：http://imap.metaboprofile.cloud/
IP4M：基于质谱的代谢组学数据分析平台
IP4M是一个功能强大、模块化、可定制、同时易于使用的代谢组学数据处理和分析集成平台，免费版本适用于Windows、MacOS和Linux系统，有网页版和单机版本。IP4M软件目前提供62项功能，分为8个模块，涵盖了代谢组学数据挖掘的所有核心步骤。
发表杂志/IF：BMC Bioinformatics（IF：3.242）
合作单位：上海交通大学附属第六人民医院交付时间：2020年
数据库平台链接：http://IP4M.cn
TMBQ：靶向代谢组批量定量分析平台
TMBQ可快速且批量地开展包含脂肪酸、氨基酸、有机酸、碳水化合物及胆汁酸在内的324种代谢物的定量及在线分析,适用于多种质谱体系，在生物标志物发现及高通量临床检测领域具有巨大的应用潜力。
发表杂志/IF：Analytical Chemistry（IF：6.986）
合作单位：上海交通大学附属第六人民医院交付时间：2021年
团队优势
关于我们
团队简介VGsoft Team (凌恩开发团队)于2015年成立,致力于为多组学相关生命科学研究,提供数据库和信息化解决方案，开发团队骨干由十年以上项目经验的资深软件工程师和生信工程师构成,可提供灵活多样的数据库构建及信息化服务
业务能力服务项目包括物种数据库、多组学数据库、eDNA数据库、育种平台、生信云平台等,我们的客户涵盖高校、科研院所、三甲医院及上市公司等,项目成果发表在Cell, Nucleic Acids Research, Molecular Therapy, Horticulture Research等国际著名期刊上
核心价值每一个研究领域都至少需要一个数据库,凌恩生物开发团队秉持"数据驱动创新,客户赋能未来”的理念,为客户提升科研价值,巩固数据成果,锁定领域影响